L'église de la Vierge est située au nord des Thermes du Port. Son entrée principale est celle qui est dirigée vers Kusadasi. Cette église qui est un lieux important de l'histoire du Christianisme, fut la première à être consacrée à la Vierge. En outre elle servit de lieu de réunion au Concile de 431 qui a posé certains des principes fondamentaux du Christianisme moderne.

    A l'origine, ce bâtiment de 260 m. de long et 30 m. de large était un "mouseion" qui fut construit au IIème siècle de notre ère. Dans l'Antiquité un "mouseion" était une institution d'enseignement supérieur où l'on enseignait diverses sciences comme la médecine et où avaient lieu de savants débats. En outre, différents prêtres ayant d'importantes fonctions à Ephèse venaient là pour suivre des cours de spécialisation. Une inscription retrouvée dans ce bâtiment mentionne que les médecins et les professeurs qui enseignaient là bénéficiaient d'une exemption d'octroi. Ceci étant valable non seulement à l'intérieur de la zone douanière de la Province d'Asie, mais aussi entre les régions administratives de la province. En effet, les gens qui voyageaient à l'intérieur de la province devaient acquitter un impôt (sorte d'octroi) lorsqu'ils passaient d'un endroit à un autre, ce qui à première vue, paraissait sans importance, mais était en réalité un grave inconvénient. Donc, l'exemption accordée à ces médecins et professeurs était un signe de l'importance accordée à ce mouseion.

    Le mouseion, qui présentait un plan basilical à trois nefs fut transformé en basilique au IVème siècle. Au cours de ces transformations, le mur oriental fut remplacé par une abside et à l'extrémité occidentale on construisit un atrium entouré de colonnes et des balustrades faites de plaques à décor géométrique. A l'extrémité ouest, on trouvait un narthex qui avait l'apparence d'un vestibule peu profond au sol recouvert de mosaïques à motifs géométriques. Le sol de l'atrium était pavé de grande plaque de pierre, récupérées à différents endroits d'Ephèse, certaines portant des inscriptions et d'autres étant décorées. Le mur ouest possédait une abside. Quant au baptistère, c'est un bâtiment circulaire dans les murs duquel sont creusées six niches, il est couvert d'une coupole; au centre se trouve le bassin où avaient lieu les baptêmes. Autour de cette pièce principale il y avait un déambulatoire et sur le côté ouest trois petites sacristies pour les prêtres chargés des baptêmes.

    A l'époque de Justinien (5227-565) la basilique subit de nouvelles transformations: entre l'abside et le narthex on édifia une petite église à plan centré couverte d'une seule coupole. De chaque côté de l'abside on ajouta des petites pièces voûtées et sur la face nord et sud de l'église on ouvrit de larges portes cintrées. On compléta l'église avec un exonarthex placé devant le narthex occidental. L'omphalos de marbre que l'on peut voir aujourd'hui au milieu de l'église fut pris dans les thermes du port et installé là. Au Xème siècle, on transforma en une nouvelle église la partie qui était à l'est de la première et à l'extrémité sud on construisit une petite chapelle.

L'Eglise du Concile, ou de Sainte Marie: l'abside après sa restauration.

    En 1984 le Musée d'Ephèse a entrepris les restaurations de l'église du Concile.

    Comme nous l'avons déjà expliqué au début de ce livre, c'est dans cette église que se tint le Concile de 431 chargé de débattre de la nature divine ou humaine du Christ.