Arrivé au bout de l'avenue du port, on franchissait une porte majestueuse et on pénétrait sur le port d'Ephèse.

    Les alluvions du Caïstre (appelé aujourd'hui Küçük Menderes) se déposant à longueur de siècles, la ville d'Ephèse se retrouvait chaque année un peu plus loin de la mer et son port un peu moins utilisable. La zone du port n'as pas encore put être fouillée et elle se présente actuellement comme un marécage d'où émergent les ruines des entrepôts et autres installations portuaires, le bassin du port n'apparaissant plus que sous la forme d'un petit lac.

    Le fait que la ville d'Ephèse se soit trouvée sur une route maritime très fréquentée a été le facteur qui a le plus contribué à son développement. Cette importance primordiale du port est la raison pour laquelle tout au long de son histoire on a dû prendre des mesures fréquentes pour empêcher qu'il ne soit comblé par les alluvions du Caïstre. Le roi de Pergame, Attale II voulut rendre le port intérieur accessible aux plus gros navires et pour cela il fit approfondir l'entrée du port et construire une digue. Cependant, il n'obtint pas le résultat escompté et le port commença à s'ensabler à une allure accélérée.

    En l'an 61 de notre ère, le gouverneur de la province fit draguer le fond du port pour le rendre plus profond. Lors de la venue de l'empereur hadrien au siècle suivant, on essaya de détourner le cours du Caïstre pour éviter qu'il ne se déverse dans le port. Une inscription nous apprend qu'un riche Ephésien dépensa 20'000 deniers pour faire nettoyer le port. Cependant tous ces efforts restèrent vains, le port s'ensabla complètement et ce n'est plus aujourd'hui qu'un étang au milieu des marécages à 4,5 km de la mer.