Les premières fouilles archéologiques exécutées à Ephèse furent entreprises en 1869 par l'ingénieur anglais J. T. Wood qui travaillait pour le compte du British Museum. Wood, qui était déjà venu dans les parages en 1863, n'avait pas réussi dans sa tentative pour localiser le temple d'Artémis. En 1869 on trouva dans le théâtre une inscription qui indiquait que les objets sacrés utilisés au cours des représentations données dans ce théâtre étaient pris dans le temple puis transportés le long de la Voie Sacrée jusqu'à la ville où il entraient par la porte de Magnésie et qu'ils revenaient en suivant le même chemin. Wood en déduisit que la première chose à faire était d'identifier la Porte de Magnésie. Puisque Magnésie était une ville antique située au sud-est d'Ephèse, la porte en question devait donc aussi se trouver dans ce secteur. En suivant les murailles hellénistiques, Wood repéra facilement la Porte de Magnésie et à partir de là, en effectuant des sondages, il put suivre la Voie Sacrée jusqu'à ce qu'il trouve enfin le site du célèbre temple. Mais pour diverses raisons, il ne put mener à leur terme les fouilles du temple qui, à partir de 1904, furent poursuivies par D. G. Hogarth. Les fouilles qui ont été menées jusqu'à nos jours par Benndorf. Ce dernier, ayant obtenu l'autorisation du Sultan, conduisit les travaux et ultérieurement acheta une grande partie du terrain où se trouvaient les ruines d'Ephèse. Ces dernières années, ce terrain a été nationalisé par les autorités turques.

    A la suite de Benndorf se succédèrent les Professeurs Keil, Miltner, Eichler et, à partir de 1969, Hermann Vetters; ils ont dégagé les principales artères d'Ephèse ainsi que les places et les bâtiments importants qui se trouvaient tout au long de ces avenues. Le Professeur Vetters a fouillé une partie des maisons qui bordaient les rues et a restauré complètement deux d'entre elles; c'est également à lui que l'on doit la restauration de la Bibliothèque de Celsius réalisé en 1978.

    La grande majorité des objets trouvés avant 1905 furent emmenés en Angleterre; ceux trouvés entre 1905 et 1923 sont, pour la plupart, en Autriche.

    En 1954, la Direction du Musée d'Ephèse entreprit, à son tour, des fouilles et des travaux de restauration concernant des bâtiments très importants. Le "Projet de Fouille, de Restauration et d'Aménagement de l'Environnement de Selçuk-Ephèse" lancé en 1979 par le Ministère Turc de la Culture et du Tourisme, a pris le rythme de travail rapide qui était nécessaire et il fait porter l'essentiel de son effort sur la Basilique Saint Jean, la Rue du Stade et l'Eglise de la Vierge.