Au milieu du Vième siècle av. J.-C. l'Asie Mineure dut faire face à l'invasion des Perses qui venaient d'orient. Avant de s'attaquer à l'Anatolie Occidentale, les Perses envoyèrent des ambassadeursaux cités d'Eolîde et d'Ionie pour les inciter à un sou­lèvement général contre Crésus mais ils ne réussirent pas à les persuader. Cepen­dant, après que Cyrus, le roi des Perses, eut vaincu Crésus, ces cités lui firent savoir qu'elles étaient prêtes à reconnaître, dans les mêmes conditions que par le passé, la suzeraineté perse en remplacement de celle des Lydiens.

    Si l'on en croit Hérodote, le roi Cyrus qui voulait leur donner une leçon, leur fit cette réponse: Un joueur de flûte ayant vu des poissons dans la mer se mit à jouer de son instrument pour les attirer jusqu'au rivage, mais aucun poisson ne vint. Sur ces entrefaites il trouva un filet de pêche et en s'en servant il prit de nombreux poissons. Plus tard, regardant les poissons qui s'agitaient dans le filet, il leur dit: "Quand je vous jouais de la flûte aucun d'entre vous n'est sorti de l'eau pour venir vers moi; et bien maintenant ne vous arrêtez plus de danser!".

    Devant cette répartie de Cyrus, les douze cités ioniennes, à l'exception de Mîlet, se retirèrent sur leur territoire et commencèrent des préparatifs de défense. Elles de­mandèrent également l'aide de Sparte. Quant à Milet, ayant au préalable,passé un accord avec les Perses elle ne ressentit pas la nécessité de procéder à des préparatifs militaires. L'aide attendue de Sparte ne vint pas et en 547 av. J.-C. un des généraux de Cyrus, le fameux Harpagos, s empara très rapidement de toute l'A natolie Occiden­tale en commençant par Phocée (aujourd'hui Foça). Ainsi, pour la seconde fois dans son histoire, Ephèse passa sous le joug étranger.

    Les Perses, comme ils t'avaient fait dans de nombreux endroits passés sous leur domination, laissèrent aux Ephésiens la liberté d'administrer eux-mêmes leurs af­faires intérieures ainsi que la liberté de culte (ils ne détruisirent pas le temple d'Arté­mis). Ephése réussit à sauvegarder son ancienne puissance économique et à main­tenir ses relations commerciales et culturelles. Les Perses créèrent la Satrapie d'Ionie qui réunissait les provinces de Carie, de Lycie, de Pamphilie et d'lonie, et ils com­mencèrent à administrer la région grâce à la satrapie. Sous la domination des Perses, Ephèse, s'étant developpée et enrichie, devint un important centre culturel et artistique. Mais les Perses contraignirent Ephèse, comme les autres cités, à verser un tribut et à fournir les navires et les soldats qui leur étaient nécessaires. Cette conduite créa une situation telle que dans les cités ioniennes on regretta les anciens tyrans.

Reconstitution de l'Artémision par F. Adler (1873)

    A l'époque de Cambyse et de Danus, les successeurs de Cyrus, les tributs s'alour­dirent encore et les cités ioniennes s'unirent pour lancer ce qu'on a appelé "la Révolte Ionienne". Ephèse joua un rôle important dans cette révolte qui était dirigée par Aristagoras, le tyran de Muet (500 av. J.-C.). Les révoltés se rendirent d'abord à Ephèse, puis sous la conduite des Ephésiens ils suivirent pendant trois jours les rives du Caystre pour atteindre Sardes qui était la capitale de la Satrapie d'Ionie; ils prirent la ville sans combat et l'incendièrent jusqu'à la dernière maison. Au cours de ces événements le temple de Cybèle fut incendié, ce qui servit plus tard de prétexte aux Perses pour détruire à leur tour les temples de la Grèce.

    La Révolte Ionienne prit fin en 494 av. J.-C. lorsque la flotte Ionienne fut détruite par les Perses près de l'île de Ladé située devant Milet. Immédiatement après, les Perses reprirent toute l'lonie, pillant et détruisant de nombreuses villes. Ce furent les Milésiens et les habitants de Chios qui souffrirent le plus de cette guerre. Fuyant les Perses après avoir perdu de nombreux bateaux, la flotte de Chios se réfugia sur les côtes du cap Mycale, à l~ou est de Priène. Ayant tiré les navires à terre, les soldats de Chios marchèrent de nuit jusqu'à Ephèse. A cette époque-là, on y célébrait la fête des Thesmophories qui avait lieu pendant les mois d'octobre et novembre et à laquelle prenaient part uniquement les femmes mariées. Voyant arriver de nuit des hommes armés, les Ephésiens crurent qu'il s'agissait d'une bande de brigands qui venaient pour enlever les femmes Et c'est ainsi qu'ils firent passer au fil de l'épée tous les soldats chiotes.

    Après avoir occupé pour la seconde fois Athènes et la Grèce centrale, Mardonios, le commandant en chef de l'armée perse, fut battu et tué par les armées grecques alliées lors de la bataille de Platées en 479 av. J.-C.. Son armée fut obligée de se retirer. immédiatement après, la flotte perse qui avait été tirée à terre près du cap Mycale fut totalement détruite par un incendie au cours d'une attaque menée par les Spartiates. Après les succès remportés contre les Perses à Platées et au cap Mycale, les cités ioniennes se révoltèrent. En 478 av. J.-C. fut créée "la Ligue Maritime de Délos et de l'Attique" sous la direction d'Athènes et de Sparte; elle avait pour but de chasser les Perses d'Asie Mineure de la même manière qu'ils avaient été chassés de Grèce.

    D'après les renseignements fournis par Thucydide et Aristote, la cité d'Ephèse versa les sommes suivantes à la Ligue de Délos: sept talents et demi en 453 av. J.-C., six talents en 444, sept talents et demi en 436. Si l'on considère que, conformément à la règle établie par l'homme d'état athénien Aristide, la contribution de chaque cité était calculée scrupuleusement en proportion de ses capacités financières, on s'apercevra qu'Ephèse figurait parmi les premières pour ce qui est de la richesse. Au cours des Guerres du Péloponèse qui eurent lieu dans le dernier quart du Vème siècle av. J.-C., Ephèse prit d'abord le parti d'Athènes, puis celui de Sparte. Après que les Spartiates eurent passé une alliance avec les Perses, l'Athénien Thrasyllos se rendit d'Atènes à Samos avec 50 navires de guerre au cours de l'été 409. A bord des navires il y avait tout l'équipement nécessaire pour des combats terrestres. Après être restés trois tours à Samos les Athéniens attaquèrent la ville de Py gela qui se trouvait dans les environs de Kusadasi et commencèrent a se livrer au pillage. Les Milésiens tentèrent quelques assauts infructueux mais furent vaincus.

    Le lendemain les Athéniens marchèrent jusqu'à Notion qui était une ville alliée située sur la côte à 10 km au nord d'Ephèse, et ils y établirent leur campement. De là, ils attaquèrent dans la même nuit les villes voisines de Colophon et de Metropolis (aujourd'hui Torbali), pillant les villages et incendiant les moissons. Stagès, le commandant perse responsable de la défense de ce secteur, attaqua les Athéniens mais il ne parvint pas à les empêcher de retourner à Notion.

    Prévoyant que Thrasyllos allait attaquer Ephèse, le satrape d'Ionie, Tissaphernes, envoya des messagers dans toutes les villes des environs pour réunir les soldats nécessaires pour défendre la ville sainte d'Artémis. Les Athéniens subirent une lourde défaite lors des combats que l'on a appelés "la guerre d'Ephèse". Ils se retirèrent à nouveau dans Notion en emmenant leurs morts conformément à un accord de trêve. Apès avoir enterré leur morts ils mirent les voiles droit sur les Dardanelles; mais alors qu'ils faisaient halte à Mytilène, ils aperçurent une flotte de 25 navires de commerce syracusains qui faisaient route d'Ephèse aux Dardanelles; ils les attaquèrent et s'emparèrent de quatre navires tandis que les autres leur échappèrent et purent regagner Ephèse.

    Au printemps de l'année 407 av. J.-C. les Spartiates nommèrent Lysa ndre, un soldat expérimenté, comme chef de leurs forces en Asie Mineure. Après avoir rencontré Cyrus qui était venu à Sardes, Lysandre put, grâce à son aide, porter à 90 le nombre des navires de sa flotte. Sur ces entrefaites, une puissante flotte athénienne commandée par Alcibiade, qui se trouvait à Samos, vint jeter l'ancre devant Notion pour pouvoir se rapprocher de la flotte spartiate mouillée dans le port d'Ephèse. Alcibiade, apprenant qu'une autre flotte athénienne assiégeait Phocée, partit à son aide à la tête d'une flottille. Il laissa la garde du reste de la flotte à un de ses lieutenants, Antiochos, en lui ordonnant de ne pas engager le combat tant qu'il ne serait pas revenu. Mais en dépit de ces ordres Antiochos sortit en mission d'observation et il attaqua deux navires ennemis; des navires étant venus à la rescousse de chacun des adversaires, la bataille devint générale et finalement la flotte athénienne, ayant perdu une partie de ses navires, se retira à Samos. Apprenant ces événements, Alcibiade attaqua Ephèse avec sa flotte mais il n'obtint aucun résultat.